该科乡试由礼部遴选的二十名考官主持，主考官为方犹，副考官为钱开宗。这两位考官在监考录取过程中徇私舞弊，从而导致夤缘请托、贿买关节、挟带抄袭、顶替倩代等诸弊层出不穷。世间没有不透风的墙，尚未发榜，各种舞弊消息便已传得沸沸扬扬。录取名单公布后，传言果然得到证实，一些不学无术之徒榜上有名，而不少饱学之士却名落孙山。于是许多落第士子聚集在江南贡院门前，抗议主考官不公。
江南科场舞弊的消息，传入宫禁，引起了顺治帝的注意。顺治十四年（1657年）十一月二十五日，工科给事中阴应节参江南主考弊窦多端，请立赐提究严讯。顺治览奏，“龙颜大怒”，认为方犹、钱开宗等曾经面谕，尚敢如此，殊属可恶。乃将方、钱及十八名同考官全部革职，并采纳了上官铉的建议，对江南新榜举人进行复试，以鉴真伪。
复试于次年（1658年）三月在紫禁城内举行，由顺治帝亲自主持。复试考场上，试官罗列侦视，护军持刀夹伺，直吓得与试者“惴惴其栗”，直如当堂受审。此次科场案，主考官方犹、副考官钱开宗二人皆斩决，同考官十八名除已死之卢铸鼎外，全部处绞，妻子家产均被没入官。
清朝科考除正式考试外，还有两种情况可以“补考”，一是“录科”，一是“录遗”。“录科”是指选送参加乡试的生员、贡生、监生的科考成绩名列三等，未获得参加乡试资格者、或者因故未参加科考者以及在籍监生、荫生、官生、贡生因名不列于本地学宫而不参加科试者，皆须于乡试之年的7月，由学政主持的“补考”，考试录科，方能送考；另一种补考叫“录遗”，即经录科考试仍未能取得参加乡试资格者以及未参加录科考试者，可以再参加一次考试，录取者也准其乡试，各省“补考”人数皆有定额。
科举试卷
为防止考生在补考时作弊、代考，就在补考证上用文字要描述：此文童年多少岁，身材是高或是矮？是胖还是瘦？面孔是白色、黑色、还是灰色？面部是否有痣？是否有胡须等资料都必须填写清楚，还要填写上曾祖父、祖父、父亲三代人的姓名。还要有“保人”“中间人”“亲邻”“业师”“保师”等5人联名具保结，证明这小文童并无匿冒顶替之嫌，若其中一人违反规定，五人均须连坐，而为之廪保者，黜革治罪，可谓相当的严格，看来古人要想作弊还有些难度。